防止玉米秸秆混合，保持优良的近交系纯度和杂交品质。在分离条件下，繁殖近交系和配制杂交种的地块称为隔离区。有四种方法可以隔离。
1.空间隔离。空间隔离也称为距离隔离。使用距离来避免外来花粉实现安全隔离是常用的隔离方法。繁殖自交系的隔离距离严格，必须在500米以上;混合动力车也必须超过300米。在这个隔离距离内，不能种植其他玉米。还应注意地形和风向。当隔离区中的地形较低或位置处于顺风位置时，应适当增加隔离区的距离。
2.时间隔离。隔离区玉米早播或推迟播种，使其他玉米品种的开花期和开花期交错，达到安全隔离的目的。例如，在种植夏玉米的领域，可以在育种玉米自交系或配制杂种时使用春播分离。如果弹簧播种相同，两者的播种期应交错30天。早熟的物种，然后是晚熟的物种。同时，应注意错开隔离区和相邻玉米地的开花期。
3.屏障隔离。利用山脉，树林，竹林，村庄，房屋等天然屏障阻挡外界花粉，达到安全隔离的目的。它是使用峡谷的理想选择，尤其是山脉周围的群山。
4.作物隔离。在隔离区的圆周或侧面，在高粱，向日葵和其他高秆作物上方种植60行（0.7米的行）以阻挡外部花粉。当其他隔离方法不符合要求时，这种隔离只是一种辅助措施。高秆作物的播种期应尽早开展，应加强田间管理，使玉米穗开花和散粉时，高秆作物的株高明显超过玉米，确保安全。
隔离区的数量将根据所配制的杂种的类型而变化。双杂交的制备：每年需要7个分离区，即繁殖4个近交系，并制备两个单杂交以制备双杂交。为了准备单个杂交，每年需要三个隔离区，即繁殖两个近交系以准备单个杂交。三个杂交的制备：每年需要5个分离区，即繁殖3个自交种，并制备单个杂交以制备三个杂交种。如果在准备单交叉和三个杂交的隔离区，母亲可以及时完全恢复，父亲是干净的，父本近交仍然可以使用，自交繁殖和隔离区的数量可以是降低。
育种自交系的面积和杂交种的制备应根据杂交种的种植面积，种子的数量，种子的产量和种子的比例来确定。父母的数量。防止种子过多引起的积压，或由于种子数量不足影响种子匹配，造成生产损失。
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