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小猪黄痢疾的原因有很多，其中包括肠胃消化功能发育不健全、没有做好消毒措施、产房里面的湿度太高、饲料出现了霉变，或者是母猪患有乳房炎等，这些原因都会导致小猪黄痢疾。小猪黄痢疾通常发生在出生1-3天内仔猪，这是最常见的，出生一周以上的小猪是很少发病的，在发病后要尽快用药才行。
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